Vilkaviškio vyskupijos muziejus buvo įkurtas – 1992 03 13 KKC rektoriaus kun. Gracijaus Sakalausko. Muziejui vadovauti paskirtas Justinas Sajauskas. Nuo 2002 m. iki dabar muziejaus ekspozicija nebuvo lankoma ir veikė kaip saugykla. Nuo 2023 m. vasario mėnesio muziejui vadovauja muziejininkė Elena Gvazdaitienė. Per pastarąjį laikotarpį muziejaus ekspozicija buvo pertvarkyta, atnaujinta, pritaikyta pagal esamas sąlygas mokinių, piligrimų ar pavienių lankytojų nedidelių grupelių lankymui ( 10-12 asmenų).